另外，在煤矸石堆放時可以摻入惰性粉狀物料作為充填材料，以阻隔空氣與矸石的接觸。目前來看電廠排出的通過小型煤矸石粉碎機(jī)的粉煤灰是一種較理想的填充材料，粉煤灰的顆粒較細(xì)，可以填充煤矸石中較大的空隙，可對煤矸石的綜合利用提高，達(dá)到改善煤矸石的物理性狀，減少空氣的流通，降低自燃發(fā)生的概率。同時還可以廢治廢，有效降低復(fù)墾成本。

微生物脫硫煤矸石山治理較根本的就是要解決矸石中硫的問題，這是矸石山治理的關(guān)鍵。目前發(fā)現(xiàn)，能夠脫去黃鐵礦中無機(jī)硫的微生物有氧化亞鐵硫桿菌、氧化硫硫桿菌等。利用微生物脫硫，一方面能把單體硫變成硫酸，有效脫除煤中的無機(jī)硫，同時釋放出H+，進(jìn)入到礦堆流出的水中；另一方面也可以將Fe2+氧化成Fe3十，F(xiàn)e3+在水中發(fā)生水解，形成Fe(OH)3，向水中釋放更多的H+。大量H+的釋放，降低了環(huán)境的pH，而硫化物氧化細(xì)菌“鐵氧化硫桿菌”在低pH的環(huán)境下會進(jìn)一步加速硫和鐵的氧化過程。據(jù)國外報道，使用像氧化亞鐵硫桿菌這樣的硫鐵礦氧化生物對煤進(jìn)行微生物脫硫，30天內(nèi)黃鐵礦硫的脫除率可達(dá)90％左右。采用微生物脫硫，技術(shù)簡單，成本低，更符合環(huán)保新理念，是很有前途的污染治理方法。

雖然硫桿菌有較好的脫硫效果，但會引起矸石山的酸化，而且Fe(OH)3會從水中析出，沉淀到河床上，幾乎可以殺死所有在河底生長的水生生物，因而需要與能夠中和多余酸的堿性物質(zhì)(如粉煤灰)同時使用，粉煤灰可提高土壤pH、改變土壤質(zhì)地、增加土壤持水量和土壤的肥力。

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